Il Joker è considerato l'antagonista principale dell'intera saga di Batman: Arkham apparendo come nemico principale di Batman: Arkham Asylum e Batman: Arkham Origins ed uno dei due antagonisti principali di Batman: Arkham City e, sotto forma di allucinazione, di Batman: Arkham Knight. Il clown è la nemesi di Batman anche in questo universo e, così come nei fumetti, è l'assassino di Jason Todd (o presunto tale: infatti il ragazzo è stato mantenuto in vita e torturato, sia psicologicamente che fisicamente, per anni dal Joker nel manicomio di Arkham), colui che ha reso la psicologa Harleen Quinzel la folle Harley Quinn e che ha paralizzato Barbara Gordon.
Nel primo gioco il suo piano è quello di infettare Batman con il Titan, ma, non riuscendoci, si espone da solo alla forma modificata del Venom. Ripresosi svilupperà una malattia sanguigna che lo porterà a morire dinanzi agli occhi di Batman nel gioco successivo, non dopo, però, aver ucciso l'amata di Batman (Talia al Ghul). Nel prequel si scopre che anche in questa versione era Cappuccio Rosso e assolda 8 mercenari per uccidere Batman fingendosi Maschera Nera. Nel capitolo finale il Joker segue Batman in tutto il gioco sotto forma di "fantasma" dovuto al gas di Crane e a ciò che è rimasto del suo sangue in Batman. Il suo scopo da morto è quello di prendere il controllo del corpo di Batman, cosa che sembra riuscire a realizzare grazie alla tossina dello Spaventapasseri, ma che viene debellata da Batman che affronta nella battaglia finale il clown nella sua stessa mente.
Il Joker in Arkham City collabora con Clayface che si finge il folle psicopatico in modo da apparire sano dinanzi ai suoi uomini e per imbrogliare Batman. È lo stesso clown, a fine gioco, a rivelare la verità affermando che Batman è cascato di nuovo al trucco del falso Joker. Quando morirà facendo cadere siero dalle mani di Batman dopo averlo accoltellato, il suo corpo sarà trasportato da un triste e silenzioso Batman dinanzi a tutti i criminali di Arkham City e ad una disperata Harley Quinn. Ironicamente, nel cinema in cui è morto, era stato scritto il titolo Joker l'Immortale. Le dinamiche della sua morte sono inoltre anticipate nella primissima scena di gioco tramite il dipinto di Caino che porta il cadavere di Abele.
Gli unici giochi in cui è assente sono i giochi mobili non in continuity Batman: Arkham Origins (che non ha nemmeno una vera e propria trama e che uscì solo per pubblicizzare il gioco per console) e in Batman: Arkham Underworld. In Batman: Arkham VR compare solo alla fine rivelandosi anche in questo caso il vero antagonista principale essendo stato lui, impadronitosi del corpo di Batman, ad uccidere Dick Grayson. Il gioco è però solo un sogno collocato non chiaramente dopo Arkham City (probabilmente qualche tempo prima di Arkham Knight).
Nell'universo di gioco usa spesso lo pseudonimo di Jack White come nel DLC "Questione di Famiglia" di Arkham Knight. Tramite alcuni nastri è possibile scoprire la storia del Seagate Amusement Park in cui è ambientato il DLC: Jack White venne presentato al suo costruttore (Edward Burke) da Harley Quinn, una sua vecchia amica. Jack aiutò l'uomo a costruire il parco per sua figlia Katie che era gravemente malata. Quando Amanda Young e il Joker iniziarono a studiare il Titan, decisero di usare la povera Katie come prima cavia spacciando il clown per un dottore. Nonostante ciò la cavia rispose negativamente al test morendo in maniera atroce. La morte della ragazzina distrusse suo padre, Edward, che cedette il parco al Joker (ancora non conoscendo la sua vera identità) per poi uccidersi con delle pasticche che gli aveva procurato lo stesso pagliaccio principe del crimine.
In Arkham Knight vi sono quattro infetti del suo sangue oltre Batman: Johnny Charisma (il più simile al clown fisicamente, ha ereditato il lato teatrale e comico del Joker), Christina Bell (l'unica donna che ha ereditato il lato dell'ossessione per Batman del criminale), Albert King (che ha il lato idrofobo di Joker) ed infine Henry Adams. Quest'ultimo è probabilmente il più interessante: ad inizio gioco appare essere immune al sangue del Joker tanto che Batman vuole usarlo per creare una cura, ma dopo lo scontro con Harley Quinn negli studi cinematografici si trasforma anche lui uccidendo gli altri infetti essendo, a suo parere, il migliore. Nonostante ciò, appena capisce che anche Batman è infetto, si suicida riconoscendo in lui il miglior Joker possibile. Henry ha tratto dal Joker il suo lato manipolativo e la sua furbizia.
Joker è giocabile come personaggio DLC in Batman: Arkham Asylum (e nella versione rimasterizzata), in Batman: Arkham Origins per un breve segmento nella storia e in modalità multiplayer ed infine in Batman: Arkham Knight verso il finale del gioco. Ciò rende Joker il villain giocabile in più capitoli ed uno dei personaggi più giocabili in generale dopo, ovviamente, Batman ed assieme a Dick Grayson.